System Informacyjny Schengen (SIS) oraz System Informacji Wizowej (VIS) wykorzystywane są przez policję oraz straż graniczną i służą do wymiany informacji pomiędzy państwami członkowskich m.in. na temat ruchu na zewnętrznych granicach Unii Europejskiej. GIODO podczas kontroli chce się przyjrzeć, czy wgląd i edycja zawartych w obu systemach danych osobowych odbywają się z zachowaniem prywatności sprawdzanej osoby.
Oprócz powyższych kontroli sektorowych GIODO realizuje również inne postępowania kontrolne, które prowadzone są m.in. w związku z rozpatrywaniem skarg, sygnalizacjami obywateli, rejestracją zbiorów danych osobowych. Podejmuje je również na wniosek innych podmiotów, takich jak sądy i prokuratury, inne organy kontrolne (jak np. Najwyższa Izba Kontroli, Państwowa Inspekcja Pracy) czy Rzecznik Praw Obywatelskich.
Obecnie GIODO zajmuje się sprawami dotyczącymi m.in. elektronicznych dzienników lekcyjnych czy funkcjonowania w jednostkach samorządu terytorialnego systemów informatycznych wykorzystywanych m.in. do obsługi mieszkańców i prowadzenia spraw pracowniczych.